Στην §1 του άρθρου 2 του Ν.3661/2008 γράφει:
"...Ο όρος «κτίριο» μπορεί να αφορά το κτίριο στο σύνολό του ή σε τμήματα αυτού, τα οποία έχουν μελετηθεί ή έχουν τροποποιηθεί για να χρησιμοποιούνται χωριστά."
Άρα, δύο ΠΕΑ για κάθε τμήμα κτηρίου που έχει τροποποιηθεί για να χρησιμοποιείται χωριστά.
Άλλη κατοικία δεν είναι το ισόγειο κι άλλη ανεξάρτητη δεν είναι το αυθαίρετο υπόγειο;

Σύμφωνα με την §2.2 της ΤΟΤΕΕ 20701-1/2010 Β' Έκδοση:
"δευτερεύοντες βοηθητικοί χώροι που δεν θερμαίνονται και που συνδέονται λειτουργικά με μια θερμική ζώνη (π.χ. αποθηκευτικός χώρος εντός διαμερίσματος, ψευδοροφή που διαχωρίζεται από το θερμαινόμενο χώρο με δομικό στοιχείο που δεν είναι θερμομονωμένο) λαμβάνονται ως τμήμα της θερμικής ζώνης."
Στην περίπτωσή σου όμως το λεβητοστάσιο και ο χώρος στάθμευσης, είναι μεν δευτερεύοντες χώροι, μη θερμαινόμενοι, δεν συνδέονται όμως λειτουργικά με τον θερμαινόμενο χώρο της κατοικίας.
Άρα δεν θα προσμετρηθούν.

Επίσης, στην §13 του άρθρου 2 του Ν.3661/2008 δίνεται ο ορισμός της συνολικής επιφάνειας κτηρίου/τμήματος κτηρίου:
"Τα συνολικά τετραγωνικά μέτρα της οικοδομής, όπως αυτά προσμετρώνται στο συντελεστή δόμησης κατά το Γενικό Οικοδομικό Κανονισμό και καταγράφονται στο φύλλο της οικοδομικής άδειας."